Het algemeen bestuur, de Verenigde Vergadering, van waterschap Hollandse Delta bestaat uit 30 bestuursleden. Hiervan zijn 26 leden direct gekozen door inwoners van het gebied. De andere 4 zetels zijn verdeeld onder agrariërs (Ongebouwd) en natuurorganisaties (Natuur).

Uit de leden van de Verenigde Vergadering wordt een dagelijks bestuur gevormd. Dit noemen we het college van dijkgraaf en heemraden. Het is vergelijkbaar met het college van burgemeester en wethouders bij een gemeente. Het dagelijks bestuur van Hollandse Delta bestaat uit de dijkgraaf en vijf heemraden.